Uncommon amino acids

In addition to the 20 common amino acids, there are two non standard, or non-canonical amino acids found in nature, selenocysteine (Sec or U) present in many prokaryotes as well as most eukaryotes, and pyrrolysine (Pyl or O), found in some archaea and one bacterium. Pyrrolysine and selenocysteine are encoded by variant codons.

Uncommon amino acids also have three-letter codes and when in sequences may be represented by the one-letter symbol X, with an explanation accompanying it. The list below is the abbreviations for the uncommon amino acids used throughout our website and literature. 

Three letter code                                                                           Amino acid

Aad                                                                                         2-Aminoadipic acid (2-aminohexanedioic acid)

Aan                                                                                         α-Asparagine

Abu                                                                                         2-Aminobutanoic acid

Aca                                                                                         2-Aminocapric acid (2-aminodecanoic acid)

Agn                                                                                         α-Glutamine

Aib                                                                                          α-Aminoisobutyric acid (α-methylalanine)

Apm                                                                                       2-Aminopimelic acid (2-aminoheptanedioic acid)

App                                                                                         γ-Amino-β-hydroxybenzenepentanoic acid

Asu                                                                                         2-Aminosuberic acid (2-aminooctanedioic acid)

Aze                                                                                         2-Carboxyazetidine

Bal                                                                                          β-Alanine

Bas                                                                                         β-Aspartic acid

Bly                                                                                          3,6-Diaminohexanoic acid (β-lysine)

Bua                                                                                        Butanoic acid

Bux                                                                                         4-Amino-3-hydroxybutanoic acid

Cap                                                                                         γ-Amino-β-hydroxycyclohexanepentanoic acid

Cha                                                                                         3-Cyclohexylalanine

Cit                                                                                           N5-Aminocarbonylornithine

Cya                                                                                         3-Sulfoalanine

Dab                                                                                        2,4-Diaminobutanoic acid

Dap                                                                                        Diaminopropionic acid

Dpm                                                                                       Diaminopimelic acid

Dpr                                                                                        2,3-Diaminopropanoic acid

Dsu                                                                                         2,7-Diaminosuberic acid (2,7-diaminooctanedioic acid)

Edc                                                                                         S-Ethylthiocysteine

Ggu                                                                                        γ-Glutamic acid

Gla                                                                                          γ-Carboxyglutamic acid

Glc                                                                                          Hydroxyacetic acid (glycolic acid)

Glp                                                                                          Pyroglutamic acid

Har                                                                                         Homoarginine

Hcy                                                                                         Homocysteine

Hhs                                                                                         Homohistidine

Hiv                                                                                          2-Hydroxyisovaleric acid

Hse                                                                                         Homoserine

Hva                                                                                         2-Hydroxypentanoic acid

Hyl                                                                                          5-Hydroxylysine

Hyp                                                                                        4-Hydroxyproline

Igl                                                                                            α-Amino-2-indanacetic acid

Iva                                                                                           Isovaline

Lac                                                                                          2-Hydroxypropanoic acid (lactic acid)

Maa                                                                                       Mercaptoacetic acid

Mba                                                                                       Mercaptobutanoic acid

Mhp                                                                                       3-Hydroxy-4-methylproline

Mpa                                                                                       Mercaptopropanoic acid

Nal                                                                                          3-Naphthylalanine

Nle                                                                                          Norleucine

Nphe                                                                                     N-Benzylglycine

Nty                                                                                         Nortyrosine

Nva                                                                                         Norvaline

Oaa                                                                                         ω-Amino acid

Oic                                                                                          2-Carboxyoctahydroindole

Orn                                                                                         Ornithine

Pen                                                                                         Penicillamine (3-mercaptovaline)

Phg                                                                                         2-Phenylglycine

Pip                                                                                          2-Carboxypiperidine

Pyl                                                                                           Pyrrolysine

pSer                                                                                       Phospho-L-serine

pThr                                                                                       Phospho-L-threonine

pTyr                                                                                        Phospho-L-tyrosine

Sar                                                                                          Sarcosine (N-methylglycine)

Sec                                                                                          Selenocysteine

Spg                                                                                         1-Amino-1-carboxycyclopentane

Sta                                                                                          Statin (4-amino-3-hydroxy-6-methylheptanoic acid)

Thi                                                                                          3-Thienylalanine

Tic                                                                                          3-Carboxyisoquinoline

Tle                                                                                          3-Methylvaline

Tml                                                                                         ε-N-Trimethyllysine

Tza                                                                                         3-Thiazolylalanine

Wil                                                                                         α-Amino-2,4-dioxopyrimidinepropanoic