Amino acid nomenclature

There are 20 amino acids regarded as common, or proteinogenic or coded.  Proteinogenic amino acids are encoded directly by triplet codons in the genetic code and are also known as standard amino acids. 

Common amino acids are grouped according to their chemical nature as non polar, polar, acidic or basic.  Nonpolar peptides include hydrocarbons and one sulphur-containing amino acid, and hydrophobic effects dominate their interactions, with them having characteristic hydrophobic effects in water.  Polar peptides are uncharged and can hydrogen bond with water and other amino acids, while acidic peptides contain a carboxylic acid and can also bond with water.  Basic, nitrogen containing amino acids have net positive charge at neutral pH and form ionic interactions.

When in sequences common amino acids are usually abbreviated to a one letter symbol and are also represented by a three letter code. The list below are the single letters and three letter abbreviations used for common amino acids in our website and literature.

Amino acid                                Three-letter code                      One-letter symbol                      Type

Alanine                                              Ala                                                         A                                              Non polar

Arginine                                            Arg                                                        R                                              Basic

Asparagine                                        Asn                                                       N                                              Polar

Aspartic acid                                    Asp                                                       D                                              Acidic

Cysteine                                             Cys                                                        C                                              Polar

Glutamine                                         Gln                                                        Q                                              Polar

Glutamic acid                                  Glu                                                        E                                              Acidic

Glycine                                              Gly                                                        G                                              Non polar

Histidine                                            His                                                         H                                             Basic

Isoleucine                                          Ile                                                           I                                            Non polar

Leucine                                               Leu                                                         L                                           Non polar

Lysine                                                  Lys                                                          K                                             Basic

Methionine                                     Met                                                       M                                             Non polar

Phenylalanine                                Phe                                                        F                                               Non polar

Proline                                              Pro                                                         P                                            Non polar 

Serine                                                 Ser                                                         S                                                Polar

Threonine                                        Thr                                                         T                                               Polar

Tryptophan                                      Trp                                                        W                                              Non polar

Tyrosine                                            Tyr                                                          Y                                               Polar

Valine                                                 Val                                                          V                                            Non polar

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